III. Selim, Ziştovi ve Yaş Antlaşmaları’ndan sonra, pek çok ıslahat yapmaya karar vermişti. İşe başlamadan önce, devlet adamlarının bu konudaki fikirlerini öğrenmek istedi. Böylece hem onların devlete ait düşüncelerini ve askeri ıslahat hakkındaki görüşlerini öğrenmek imkânı bulacak, hem de istihdam edeceği ekibin bilgi derecesini ve kabiliyetini öğrenip, onları faydalı olabilecekleri sahalarda çalıştıracaktı.

Layiha veren devlet adamlarını, ayrıldıkları gruplara göre şöyle isimlendirebiliriz:

Yeni bir ocağın kurulmasına karar verilmesinin en mühim sebebi, yeniçerilerin ıslah edilmesinin çok zor olmasıydı. Bu ıslahat düşüncesini benimseyen III. Selim henüz tahta çıktığı sıralarda bu düşünceyi benimsemiş olan, açık fikirli ve yenilikçi taraftar bir ekibi toplantıya çağırdı. Bu ekibin başına da RumeliKazaskeri İsmail Paşazade Esseyid İbrahim İsmet Bey’i getirdi.

Yayla İmamı Risalesi’ne göre, Nizam-ı Cedid programı 72 maddeden oluşmuştur. Osmanlı Devleti bu ıslahatı yaparken Fransa’dan yardım istemiş, 1796yılında konuyla ilgili olarak top, humbara dökümcüsü, top kundağı ve tüfenkçi işçileri gelmişti. Ayrıca, bir süre sonra Fransa’dan General Menand başkanlığında ve amele başı Bamilo ilen gelen heyetle birlikte Prusya’dan da subay ve danışmanlar geldi. Bunlardan Albay Von Goetze, 1798’de III. Selim’in isteği üzerine Osmanlı kara birliklerinde incelemelerde bulundu. Yeniçerilerin kuşkulandırılması, düşmanlıklarının kazanılması ve işin daha baştan bitmesi gibi mahsurlar içerdiğinden Nizam-ı Cedid ayrı bir ocak değil de Yeni Asker, Bostancı, Tüfenkçi Ocakları adıyla Bostaniyan-ı Hassa Ocağı’na bağlandı.

III. Selim’in topladığı bir mecliste, Sultan Süleyman devrindeki düzene dönülürse işlerin kolaylaşacağı fikri taraftar bulunca, ilk önce ocağa haftalık belli düzende talim yapılması fikri sorulmuş ancak ocak ağalarından olumsuz yanıt alınmıştır. Bunu üzerine Nizam-ı Cedid ordusunun kurulmasına karar vermektedir. Yeniçerilerin tepkisini çekmemek için ise Bostancı Ocağı’na bağlı Bostancı Tüfenkçisi adı altında kurulmuştur.

İlk kışla Cezayirli Gazi Hasan Paşa’ya ait olan Levend Çiftliği’nde kurulmuş, daha sonra artan destekle beraber önce Üsküdar’da daha sonra da Üsküdar merkez olmak üzere Anadolu’da ortalar kurulmuştur. Bugünkü Selimiye Kışlası’nın temellerinin atıldığı Üsküdar Kışlası’na bağlı olan Anadolu’daki ortalar şöyleydi:Ankara Ortası, Bolu Ortası, Kayseri Ortası, Kastamonu Ortası, Kütahya Ortası, Kırşehir Ortası, Amasya Ortası, Sivas Ortası, Aydın Ortası, Çankırı Ortası, Çorum Ortası,Aksaray Ortası,Menteşe Ortası, Seydişehir Ortası, Niğde Ortası, Hamid Ortası, Manisa Ortası, İçel Ortası ve Karaman Süvari Ortası.

Bu ortaların kurulmasıyla beraber Nizam-ı Cedid Ordusu’nun mevcudu 230.000’e yaklaşmıştır. Askerler 25 yaşını geçmemiş, yiğit, asil ve temiz ailelerden seçilir; bunlara önce usul ve erkan öğretilirdi. Ocakta her bir üye arasında kefalet sistemi geliştirilmişti; böylece firarlar engelleniyordu.

Yeniçeri ocağının çıkardığı Kabakçı Mustafa İsyanı sonucu Nizam-ı Cedid ordusu ortadan kaldırılmıştır. Bu isyanın esasında pek çok nedeni vardır. 1789 Fransız ihtilâlinden sonra Avrupa’da çıkan milliyetçilik akımı, Osmanlı’yı diğer Avrupalı ülkeler kadar çabuk etkilememişti. Hattâ Sultan III. Selim, “Nizâm-ı Cedîd” adı ile askerî, mülkî, idarî, ticarî, sosyal ve siyasî bir dizi ıslahat teşebbüslerine girişerek, devlete yeni bir hayatiyet ve canlılık getirdi. Bu durum; Rusya, Fransa ve İngiltere’nin hoşuna gitmiyordu. 1806’da çıkarılan Sırp isyanı, 1807’de Rusya’ya harp ilanı ve İngiliz donanmasının İskenderiye’yi işgali, tamamen Osmanlı Devleti’nin bu gelişme programını önlemeye yönelikti.

Nitekim bu faaliyetler, içeride de, III. Selim’in kurduğu modern Nizâm-ı Cedîd ordusunu istemeyen yeniçeriler ile menfaatperestleri ve Osmanlı Devletinin yıkılmasını isteyen hainleri harekete geçirdi. Akkâ yenilgisini bir türlü unutamayan Fransızların İstanbul Sefîri Sebastiani’nin teşviki ve Selânikli Sadaret Kaymakamı Köse Musa Pasa’nın tahrikleriyle âsiler, ayaklanmaya hazır hâle geldiler. Karadeniz Boğazı tabyalarındaki yeniçeriler ve yamaklar, gizlice, modern ve talimli yeni askerlere karşı kışkırtıldılar. Sadaret Kaymakamı Köse Musa Pasa’nın telkinleriyle, yamaklar, Haseki Halil Ağayı parçaladılar.

Bu hareket ile isyan başlatıldı. Büyükdere Çayırında toplanan âsiler, Kastamonulu Kabakçı Mustafa’yı lider seçtiler. İsyan genişledi. Beş yüz kadar âsi, İstanbul’a yürüdü. Âsileri, Levend Çiftliğindeki bir tabur nizamî asker durdurmaya kâfiyken, Köse Musa, Nizâm-ı Cedîd askerinin harekâtını durdurdu. Sultan III. Selim kan dökülmesini istemedi. Sultan III. Selim “Bu işlere sebep, benim hilmimdir (yumuşak huylu olmamdır)!” demesi üzerine, Köse Musa, âsileri teskin edeceğini ifade ederek, Nizâm-ı Cedîd askerlerinin kaldırıldığı hakkındaki fermanı çıkarttı.

Kararın hemen ardından Köse Musa harekete geçti. Çardak ve Unkapanı İskelesine gelen âsiler, yeniçeriler ile birleşip, Nizâm-ı Cedîd taraftarı devlet adamlarını katlettiler. Daha sonra “Pâdişâhı da istemiyoruz “diye bağıran âsiler, 29 Mayıs 1807’de, Sultan III. Selim’i tahttan indirip, yerine IV. Mustafa’yı geçirdiler.